在进行环境卫生与消毒工作时，通常情况下，外环境应以清污为主，重点区域清污后再进行消毒处理。避免对无消毒指征的灾区环境、交通道路、路面、帐篷等进行喷洒消毒，防止过度消毒现象的发生。及时清运淤泥、动物尸体、垃圾和粪便，并做好无害化处理，严禁倾倒河中。选择消毒效果可靠，简便易行，对人畜安全、对环境友好的方法，正确实施消毒措施。
灾民安置点、医院、学校、幼儿园、集贸市场等场所是环境卫生与消毒工作的重点区域。受淹水源、厕所、牲畜养殖场所等也需进行全面消毒。对于设置的临时厕所、垃圾堆集点，应设专人负责，做好粪便、垃圾的消毒、清运等卫生管理，必要时用卫生杀虫剂杀虫，控制苍蝇孳生。
生活饮用水方面，建议不喝生水，优先选择瓶装水、桶装水或凉开水，不用来源不明或被污染的水漱口、洗菜洗水果。盛水器具建议每次使用后清洗并消毒。如果取用井水、山泉水作为家庭用水，可使用含氯泡腾片进行消毒处理，加氯量为4mg/L～8mg/L。消毒后的水不宜直接饮用，最好烧开后再饮用。
进入过水房屋前应先检查屋内是否安全，然后开窗通风，去除淤泥、积水，清理丢弃室内废弃物品、垃圾。屋内清洁时，可用热水配普通清洁剂溶液擦拭墙壁、家用电器、地板、家具等坚硬表面，床品、衣物等织物可直接清洗。如需消毒，可用冷水配制有效氯500mg/L的含氯消毒剂溶液对清洁后的物体表面、墙壁、地面、洁具等进行擦拭消毒，保留30分钟后，金属表面要用干净的水再进行清洁。发现屋内墙壁有霉菌生长时，平整硬墙面用铲子铲除，混凝土等粗糙表面用硬毛刷刷除，然后用肥皂和清水擦拭清洁。清除霉菌操作时，宜佩戴手套、口罩和防护眼镜，并开窗通风。
已恢复市政供水的家庭，要打开水龙头放出管道内滞留水，直到水为无色且无异味；家用热水器建议将水温调高至60℃，并打开热水龙头放出热水管道内的滞留水，彻底清除热水管道内的污染。餐饮具先清洗，再消毒。首选煮沸消毒，煮沸时间应在15分钟以上；也可使用有效氯250mg/L的含氯消毒剂溶液浸泡30分钟后用清洁水冲洗干净。
84消毒液一般有效氯含量为5%，使用500mL矿泉水瓶配制时，将2矿泉水瓶盖84消毒液（约5mL）加入1瓶水中混匀即为500mg/L的消毒液，加入2瓶水中混匀即为250mg/L的消毒液。含氯泡腾片一般有效氯含量为500mg/片，使用500mL矿泉水瓶配制时，将1片泡腾片加入2瓶水中混匀即为500mg/L的消毒液，加入4瓶水中混匀即为250mg/L的消毒液。
室内物品应先清洁后消毒。确保使用合法有效的消毒产品，按照说明书准确配制适宜的使用浓度，采用正确的消毒方法，确保消毒液足量、全覆盖消毒对象，达到说明书规定的作用时间。配制消毒液时应开窗通风，佩戴口罩、手套，使用冷水，现配现用。
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